ومن بين الجوائز المهمة التي تمنح خلال البطولة، جائزة أفضل هداف، والتي تعد شهادة على تألق المهاجمين أمام المرمى في واحدة من أهم المنافسات العالمية لأندية كرة القدم.
وتاليا السجل الكامل للفائزين بجائزة أفضل هداف في كأس العالم للأندية من عام 2000 وحتى نسخة 2023:
نسخة عام 2000
أفضل هداف: نيكولاس أنيلكا (ريال مدريد الإسباني)- روماريو (فاسكو دي غاما البرازيلي) - 3 أهداف لكل منهما.
نسخة عام 2005
أفضل هداف: أموروز (ساو باولو البرازيلي) – بيتر كراوتش (ليفربول الإنجليزي) – محمد نور (اتحاد جدة السعودي)- ألفارو سابوريو (سابريسا الكوستاريكي) - هدفين لكل منهم.
نسخة عام 2006
أفضل هداف: محمد أبو تريكة (الأهلي المصري) - 3 أهداف.
نسخة عام 2007
أفضل هداف: واشنطن (أوروا ريدز الياباني) - 3 أهداف.
نسخة عام 2008
أفضل هداف: واين روني (مانشستر يونايتد الإنجليزي) - 3 أهداف.
نسخة عام 2009
أفضل هداف: دينلسون (بوهانغ ستيلرز الكوري الجنوبي) - 4 أهداف.
نسخة عام 2010
أفضل هداف: ماوريسيو مولينا (سيونجنام الكوري) - 3 أهداف.
نسخة عام 2011
أفضل هداف: أدريانو ، ليونيل ميسي (برشلونة) - هدفين لكل منهما.
نسخة عام 2012
أفضل هداف: سيزار ديلغادو (مونتيري المكسيكي) – هيساتو سانتوس (سانفريسي هيروشيما الياباني) 3 أهداف.
نسخة عام 2013
أفضل هداف: داريو كونكا (قوانغو إيفرغراند الصيني) – سيزار ديلغادو (مونتيري المكسيكي) – محسن ياجور (الرجاء المغربي) - رونالدينيو (أتلتيكو مينيرو البرازيلي) - هدفين لكل منهم